Band I

Mysterium Cosmographicum. De Stella Nova. Hrsg. von Max Caspar. 1938. 2. unveränderte Auflage 1993. XV, 493 S., 32 Abb., 2 Tafeln.
Enthält: Mysterium Cosmographicum (1596) 3–80 / Joachim Rheticus: Narratio prima, una cum Encomio Borussiae scripta (1596) 81–145 / De Stella Nova (1606) 149–356 / De Iesu Christi vero anno natalitio (1606) 357–390 / Gründtlicher Bericht von einem Newen Stern (1604) 393–399

Band II

Astronomiae Pars Optica. Hrsg. von Franz Hammer. 1939. 465 S., 101 Abb., 2 Tafeln.

Band III

Astronomia Nova. Hrsg. von Max Caspar. 1937. 2. unveränderte Auflage 1990. 487 S., 112 Abb., 1 Tafel.  

Band IV

Kleinere Schriften 1602–1611. Dioptrice. Hrsg. von Max Caspar und Franz Hammer. 1941. 525 S., 51 Abb.
Enthält: De Fundamentis Astrologiae certioribus (1601) 7–35 / De Solis Deliquio (1605) 39–53 / Außführlicher Bericht Von dem diß 1607. Jahrs erschienenen Cometen (1608) 57–76 / Phaenomenon singulare seu Mercurius in Sole (1609) 79–98 / Antwort Auff Röslini Discurs (1609) 101–144 / Tertius Interveniens (1610) 147–258 / Strena seu De Nive Sexangula (1611) 261–280 / Dissertatio cum Nuncio Sidereo (1610) 283–311 / Narratio de observatis a se quatuor Iovis satellitibus (1611) 315–325 / Dioptrice (1611) 329–414

Band V

Chronologische Schriften. Hrsg. von Franz Hammer. 1953. 470 S. 4°.
Enthält: De vero anno natali Christi (1614) 7–126 / Widerholter Außführlicher Teutscher Bericht [vom Geburtsjahr Christi] (1613) 129–201 / Ad Epistolam Sethi Calvisii Chronologi Responsio (1614) 205–217 / Eclogae Chronicae (1615) 221–370 / Kanones Pueriles (1620) 373–394

Band VI

Harmonice Mundi. Hrsg. von Max Caspar. 1940. 563 S., 122 Abb. 4°.
Enthält: Harmonices Mundi Libri V (1619) 7–377 / Apologia adversus Demonstrationem Analyticam Roberti de Fluctibus (1622) 381–457

Band VII

Epitome Astronomiae Copernicanae. Hrsg. von Max Caspar. 1953. 617 S., 178 Abb.  

Band VIII

Mysterium Cosmographicum. Editio altera cum notis. De Cometis. Hyperaspistes. Bearbeitet von Franz Hammer. 1955. 517 S., 47 Abb., 3 Falttafeln.
Enthält: Mysterium Cosmographicum (Editio altera) (1621) 7–128 / De Cometis libelli tres (1619–1620) 131-262 / Tychonis Brahei Dani Hyperaspistes (1625) 265-437

Band IX

Mathematische Schriften. Hrsg. von Franz Hammer. 1955. 561 S., 108 Abb.
Enthält: Nova Stereometria Doliorum Vinariorum (1615) 7–133 / Messekunst Archimedis (1616) 137–274 / Chilias Logarithmorum (1624) 277–352 / Supplementum Chiliadis Logarithmorum (1625) 353-426

Band X

Tabulae Rudolphinae. Bearbeitet von Franz Hammer. 1969. 546 S., davon 107 Faksimiles, 20 Abb., 1 Falttafel (Faksimile), 1 Kupferdruck, 4seitiger Zusatz.

Band XI,1

Ephemerides novae motuum coelestium. Bearb. von Volker Bialas. 1983. 597 S., davon 252 Faksimiles, 64 Abb.
Enthält: Ephemerides Novae Motuum Coelestium ab anno 1617[–1620] (1617/1619) 7–134 / Ephemeridum Pars Secunda ab anno 1621 ad 1628 (1630) 135–300 / Ephemeridum Pars Tertia a 1629 in 1636 (1630) 301–458 / Jakob Bartsch Offener Brief an Johannes Kepler (1628) 461–465 / Ad Epistolam Bartschii Responsio (1629) 467–473 / De raris mirisque Anni 1631 Phaenomenis (1629) 475–482

Band XI,2

Calendaria et Prognostica, Astronomica minora. Somnium. Bearbeitet von Volker Bialas und Helmuth Grössing. 1993. 563 S., davon 44 Faksimiles, 8 Abb.
Enthält: Practica Auff 1597 (1596) 7-17 / SchreibCalender Auff 1598 (1597) 19-44 / Practica Auff 1599 (1598) 45–55 / Collectanea ad Prognosticum Anno 1600 59 / Calendarium und Bericht vom feurigen Triangel 1603 (1602) 61–79 / Prognosticum auf 1604 (1603) 81–100 / Prognosticum auf 1605 (1604) 101–123 / Prognosticum auf 1606 (1605) 125–135 / SchreibCalender Auff 1618 (1617) 137–153 / Prognosticum auf 1618 (1617) 155–172 / Prognosticon auf das 1618. und 1619. Jahr (1618) 173–188 / Prognosticum auf 1620 (1619) 189–215 / Discurs Von der Grossen Conjunction 1623 Sambt Prognostico (1623) 217–245 / Prognosticum auf 1624 (1623) 247–264 / Appendix ad Progymnasmatum Tomum Primum (1602) 269–272 / Astronomischer Bericht Von Zweyen im 1620. Jahr gesehenen Mondsfinsternussen (1621) 275–293 / Terrentii Epistolium Cum Commentatiuncula Joannis Kepleri (1630) 297–314 / Somnium Seu Opus posthumum de Astronomia Lunari (1634) 317–438

Band XII

Theologica. Hexenprozeß. Tacitus-Übersetzung. Gedichte. Bearbeitet von Jürgen Hübner, Helmuth Grössing, Friederike Boockmann und Friedrich Seck. Redaktion: Volker Bialas. 1990. 444 S., 8 Abb.
Enthält: De Omnipraesentia Christi 7 / Unterricht Vom H. Sacrament (1617) 11-18 / Glaubensbekandtnus (1623) 21–38 / Notae ad Epistolam Matthiae Hafenrefferi (1625) 39–62 / Conclusion Schrifft [Hexenprozeß gegen Katharina Kepler] (1621) 65–100 / Taciti Historische Beschreibung. Das Erste Buch (1625) 103–175 / Gedichte 177-265

Band XIII

Briefe 1590–1599. Hrsg. von Max Caspar. 1945. 432 S., 63 Abb.  

Band XIV

Briefe 1599–1603. Hrsg. von Max Caspar. 1949. 520 S., 62 Abb., 1 Tafel.  2. unveränderte Auflage 2001.

Band XV

Briefe 1604–1607. Hrsg. von Max Caspar. 1951. 2. unveränderte Auflage 1995. 568 S., 95 Abb., 1 Tafel.

Band XVI

Briefe 1607-1611. Hrsg. von Max Caspar. 1954. 482 S., 45 Abb.  

Band XVII

Briefe 1612-1620. Hrsg. von Max Caspar. 1955. 535 S., 22 Abb.  

Band XVIII

Briefe 1620-1630. Hrsg. von Max Caspar. 1959. 592 S., 42 Abb., 1 Tafel.  

Band XIX

Dokumente zu Leben und Werk. Bearb. von Martha List. 1975. 551 S., 4 Abb.

Band XX,1

Manuscripta Astronomica (I). Bearb. von Volker Bialas. Unter Mitwirkung von Friederike Boockmann. 1988. 592 S., 1 Faksimile, 104 Textabb.
Enthält: Apologia Tychonis contra Ursum scripta 15-62 / Judicium de hypothesibus Tychonianis 65-82 / Refutatio libelli, cui titulus Capnuraniae Restinctio 85-87 / Catalogus librorum a Tychone Brahe scriptorum [confectus] 91–95 / Problemata astronomica 99–144 / De motu terrae 147–180 / Aristotelis Buch von der oberen Welt. [13. und 14. Kapitel] 150–167 / Responsio ad Ingoli Disputationem 168–180 / Hipparchus 183–268 / Lunaria 271–320 / Restitutionum lunarium adversaria 321–392 / Consideratio observationum Regiomontani et Waltheri 395–455

Band XX,2

Manuscripta Astronomica (II). Commentaria in Theoriam Martis. Bearbeitet von Volker Bialas unter Mitwirkung von F. Boockmann / J. Kuric / I. Noeggerath. 1998. 651 S., 1 Faksimile, ca. 250 Abb.
Enthält: Vorarbeiten zu Astronomia Nova

Band XXI,1

Manuscripta astronomica (III). De calendario Gregoriano. Manuscripta mathematica. Bearbeitet von Volker Bialas / Friederike Boockmann / Eberhard Knobloch. Unter Mitwirkung von Hella Kothmann / Johanna Kuric / Hans Wieland. 2002. 699 S., 1 Faksimile.
Enthält: Eclipses Lunae et Solis 9–212 / Vorarbeiten zum Mysterium Cosmographicum 215–242 / Vorarbeiten zu Astronomiae Pars Optica 243–261 / Vorarbeiten zu De Stella Nova 263–290 / Ergänzungen zu Commentaria in theoriam Martis 291–308 / Vorarbeiten zu Narratio de observatis a se quatuor Iovis satellitibus 309–312 / Vorarbeiten zu Epitome Astronomiae Copernicanae 313–329 / Vorarbeiten zu Tabulae Rudolphinae 331–345 / De Calendario Gregoriano (lateinische wie deutsche Schriften) 349–439 / De quantitatibus libelli 445–461 / De genesi magnitudinum 462–480 / Manuscripta Arithmetica 481–519 / Manuscripta Geometrica 521–590

Band XXI,2.1

Manuscripta harmonica. Manuscripta chronologica. Bearbeitet von Volker Bialas / Friedrich Seck. 2009. 552 S.
Enthält: De stellis 7–15 / Brevis et dilucida explicatio fundamentorum harmonicorum 16–19 / Ex dialogis Vincentii Galilaei De musica 20–31 / Appendix ad Harmonices Mundi librum V (Keplers Kommentar zur Harmonik des Ptolemäus) 32–108 / In libellum Sleidani de IV monarchiis 111–145 / De septuaginta hebdomadibus in Daniele discursus 146–178 / Chronologia a mundo condito 179–444 / Astronomia Chronologiae Salutem plurimam 445–458 / Dispositio historicorum in chronologia 459–461

Band XXI,2.2

Manuscripta astrologica. Manuscripta pneumatica. Bearbeitet von Friederike Boockmann / Daniel A. Di Liscia. Unter Mitwirkung von Daniel von Matuschka / Hans Wieland. 2009. 699 S.
Enthält Keplers Horoskopsammlung 3–492

Band XXII

Generalregister. Bearbeitet von Peter Michael Schenkel / Handschriftenkatalog. Bearbeitet von Hella Kothmann / Chronologisches Register zu Band XIX. Bearbeitet von Friedrich Seck / Verzeichnis der Werke Johannes Keplers. 2017. 756 S.